Dunia Boruto: Two Blue Vortex sedang menghadapi persoalan yang jauh lebih besar daripada konflik antara Konoha dan para musuhnya. Dalam bab 38, Kashin Koji mengungkapkan bahwa tujuan sebenarnya sejumlah pemimpin negara adalah membubarkan desa-desa shinobi.
Ironisnya, rencana ini muncul ketika dunia masih menghadapi ancaman Kloningan Pohon Dewa, kelompok berbahaya yang berpotensi mengancam kehidupan manusia. Lantas, mengapa para pemimpin negara justru ingin menghapus sistem ninja yang selama ini menjadi bagian penting dari pertahanan dunia?
