Otowa Hyoko versi film (kiri) dan manga (kanan). Berbagai sumber
Ada karakter yang harusnya hidup jadi mati di Rurouni Kenshin: The Final.
Otowa Hyoko seharusnya ditangkap polisi setelah dia dikalahkan Yahiko. Namun di The Final, setelah kalah dari Kenshin, Hyoko meledakkan diri.
Hyoko lalu tidak muncul lagi, menandakan dia beneran mati.
Lalu ada juga Cho Sawagejo. Di manga, Sawagejo sih beneran jadi agen pemerintah. Bahkan Cho masih terlibat di alur Hokkaido, yang terjadi lama setelah alur Enishi. Kenshin dan Kaoru bahkan sudah punya anak.
Namun di versi The Final, Cho menjadi pengkhianat yang mengarahkan Hajime Saito ke lokasi salah. Cho lalu dengan nekat menantang Enishi.
Kemudian Enishi datang ke dojo Kamiya membawa karung. Begitu karungnya dibuka isinya Cho, yang mulutnya sudah dijejali kertas berisi pesan.