Kilas balik Raikage Ketiga. (Dok. Pierrot/Naruto Shippuden)
Pemicu perangnya karena sekali lagi perjanjian perdamaian antar desa masih belum menemukan kesepakatan dan titik cerah.
Pertempuran kecil terjaid di perbatasan beberapa desa hingga akhirnya menjadi perang besar dan melibatkan semua desa ninja.
Sentral peperangan adalah Konoha dan Iwa lagi yang bertarung di desa Kusa. Di sini pihak Iwa diunggulkan dengan banyak jumlah pasukan dibanding Konoha, karena itu tim Minato diberikan misi sulit untuk masuk ke wilayah perang Iwa dan menghancurkan jembatan Kannabi yang menjadi jalan untuk Iwa memberikan bantuan perang ke pasukannya.
Dalam misi tersebut Obito mati, Kakashi mendapatkan Sharingan lalu bersama Minato dia menghancurkan jembatan Kannabi, membuat pihak Iwa kesulitan.
Tak lama setelah itu Kiri ikut campur, meculik Rin, memasukan Isobu, dan akan mengeluarkannya di Konoha yang mana ini semua rencana Madara. Pada akhirnya Rin mati di tangan Kakashi di depan Obito, membuatnya membangkitkan Mangekyou.
Sasori terkenal dari desa Suna karena bisa membunuh banyak pasukan lawan dengan Kugutsu miliknya dan membuat darah lawannya tumpah ke pasir, sehingga ia dijuluki Pasir Merah dari Suna.
Kumo juga terlibat di mana Raikage Ketiga mati melindungi pasukannya dengan sendirian melawan 10 ribu pasukan lawan, dia baru ditumbangkan setelah tiga hari tiga malam bertarung tanpa henti.
Akhir perang cukup jelas, Iwa menyetujui gencatan senjata karena jembatan Kannabi hancur dan terpaksa harus mundur, membuat Konoha menang di perang ini.