Seperti film sebelumnya, Mike (Will Smith) dan Marcus (Martin Lawrence) kembali memiliki keinginan yang berbeda. Alih-alih ingin berganti partner atau pergi dari Miami seperti sebelumnya, Marcus kali ini sangat ingin pensiun dari tugas kepolisian karena baru saja mendapatkan seorang cucu yang sangat lucu. Sementara Mike tetap ingin bekerja selamanya atau hingga tewas dalam tugas.
Untuk menyelesaikan perbedaan tersebut, mereka berdua memutuskan untuk adu lari, dengan sang kapten Howard (Joe Pantoliano) sebagai saksinya. Mike yang mencapai garis finish terlebih dahulu ternyata harus terjengkang setelah ditembak oleh seorang assassin yang tidak dikenal.
Marcus yang melihat Mike sekarat, berdoa ke tuhan untuk memohon kesembuhan sahabat terbaiknya. Bahkan dia rela untuk tidak menyakiti orang lain, asalkan Mike selamat dan hidup sekali lagi. Rupanya Mike benar-benar selamat dan kembali bertugas 6 bulan kemudian.
Melihat doanya terkabul, Marcus mau tidak mau harus pensiun dari tugas polisi, atau dia akan kembali menyakiti orang. Mike yang kembali bekerja sangat marah begitu tahu kalau Marcus mengajukan pensiun. Bagi dia menjadi “Bad Boys” adalah pekerjaan selamanya yang tidak akan tergantikan oleh apapun. Lagian dia harus membalas pada sang penembak yang belum diketahui identitasnya.
Dari sini arah kehidupan Mike dan Marcus mulai sangat berbeda. Mike yang kembali ke jalan, mulai memburu satu per satu orang-orang yang diduga terlibat dalam penembakkan. Sementara Marcus hidup santai di rumah dan menjalani rutinitas layaknya seorang pensiunan.