Akatsuki adalah sebuah organisasi yang pertama kali dibentuk oleh Yahiko, Nagato, dan Konan dari desa Ame. Tujuan mereka adalah jadi kekuatan militer pihak ketiga untuk menghentikan konflik perang di sana.
Karena yang paling aktif, punya kemampuan memimpin, serta ninja yang bisa diandalkan, Yahiko pun terpilih sebagai pemimpin Akatsuki versi baik ini.
Yahiko adalah pemimpin yang baik di mana dia tidak hanya bisa mengayomi Nagato dan Konan, tapi juga anggota Akatsuki lainnya yang percaya kalau Yahiko bisa membawa kedamaian.
Akatsuki menjadi korban lagi dari kekuasaan Hanzo dan Danzo, ditambah Obito juga menunggangi kejadian pembantaian Akatsuki versi baik karena Obito ingin mengendalikan Nagato dan Rinnegan Madara di dirinya.
Dalam kejadian itu Yahiko mati, Akatsuki versi baik bubar, dan Obito mengajak Nagato untuk bekerjasama membentuk Akatsuki versi baru dengan visi dan tujuan berbeda.
Nagato saat itu tetap ingin menjadikan sosok Yahiko sebagai pemimpin Akatsuki, karena itu dia menggunakan tubuh Yahiko sebagai Pain Tendo untuk menjadi sosok pemimpin Akatsuki.
Obito Uchiha adalah sosok pemimpin sejati dari Akatsuki versi jahat yang berbahaya dan mengincar monster berekor.
Obito mengendalikan Nagato dan menjadi pemimpin di balik layar, dia mulai aktif menjadi pemimpin setelah Nagato mati dan grup Akatsuki semakin kecil.
Dalam aksinya dulu untuk menyamar di dalam Akatsuki, dia menggunakan alter egonya yaitu Tobi.
Nah itu dia daftar pemimpin Akatsuki di serial Naruto. Mana pemimpin Akatsuki yang peling keren menurutmu?