Kisah The Bad Guys dibuka dengan perampokan bank yang dilakukan oleh lima sekawan yang terdiri dari hewan-hewan ganas. Mereka adalah Mr. Wolf (Sam Rockwell), Mr. Snake (Marc Maron), Mr. Piranha (Anthony Ramos), Mr. Shark (Craig Robinson), dan Ms. Tarantula (Awkwafina).
Mereka dikejar-kejar oleh polisi yang dipimpin oleh Chief Luggins (Alex Borstein). Para polisi yang sangat banyak itu tidak sebanding kemampuannya dengan Mr. Wolf yang memang lihai dalam mengendarai mobil dan mencuri.
Saat perampokan berakhir, kelima hewan ini selalu berkumpul di markas mereka. Markas tersebut mereka gunakan untuk menimbun hasil rampokan dan melihat berita tentang aksi mereka hari ini. Dalam salah satu berita perampokan sang pembawa berita mewawancarai sang gubernur (Zazie Beetz) yang sosoknya adalah rubah merah.
Dalam wawancara tersebut diperlihatkan kalau sang gubernur tidak terkesan dengan perampokan yang dilakukan oleh lima sekawan. Bagi dia perampokan tersebut merupakan cara mereka mencari perhatian dan pengakuan. Lebih dari itu, perampokan lima sekawan tersebut terasa seperti bualan kosong tanpa makna.
Mendengar komentar pedas dari sang gubernur, Mr. Wolf bersumpah kalau dia akan merampok piala Golden Dolphin yang bakal diserahkan gubernur ke Professor Rupert Marmalade IV (Richard Ayoade). Seorang marmut sombong yang dikenal warga kota sebagai orang yang baik hati dan sering beramal.
Dari sini dimulailah cerita utama The Bad Guys. Di mana akhirnya mereka berlima mendapat pencerahan hingga mencoba untuk berbuat baik bagi orang-orang di sekitarnya.