Salah satu kejadian besar dalam sejarah serial Naruto adalah pembantaian klan Uchiha yang sangat sadis.
Pelakunya pun anak terbaik dari klan Uchiha yaitu Itachi Uchiha, putra dari pemimpin klan Uchiha saat itu yaitu Fugaku.
Tapi kenapa sampai Itachi harus membunuh klannya sendiri? Ini dia penyebabnya!
Klan Uchiha yang saat itu dipimpin oleh Fugaku Uchiha (ayahnya Itachi dan Sasuke) merasa kalau klan mereka semakin didiskriminasi oleh Konoha.
Namun mereka sadar kalau jalan damai tidak akan membuat posisi mereka di Konoha jadi lebih baik, karena itu mereka berencana melakukan kudeta.
Uchiha mengirim anaknya Fugaku yaitu Itachi yang merupakan Anbu dan salah satu ninja kepercayaan Konoha untuk memata-matai Konoha.
Shisui Uchiha punya ide sendiri agar Uchiha dan Konoha bisa berdamai, yaitu menggunakan Kotoamatsukami dan setidaknya mengubah pikiran Fugaku agar tidak melanjutkan kudeta.
Namun kejadian ini memang ditunggangi oleh Danzo yang melihat ini sebagai keuntungan. Danzo bisa menghilangkan Uchiha yang baginya membahayakan desa sekaligus mendapatkan kekuatan Sharingan dari Uchiha.
Saat Danzo menyerang Shisui dan mengambil matanya, rencana Shisui pun jadi sulit, karena itu Shisui menemui Itachi sebelum dia bunuh diri karena tahu kekuatannya bisa dimanfaatkan pihak yang salah dan memberikan matanya ke Itachi untuk kebaikan Konoha dan Uchiha.
Itachi saat itu adalah agen ganda yang menjadi mata-mata Konoha sekaligus Uchiha, namun Itachi juga tahu jika perang saudara terjadi antara Uchiha vs Konoha, maka pertahanan desa melemah.
Jika seperti itu, Konoha bisa diserang oleh desa lain yang memanfaatkan situasi dan yang ada Konoha hancur dengan korban jiwa yang lebih banyak.
Karena Hiruzen belum menemukan jalur damai, Danzo pun memerintahkan Itachi untuk menjalankan misi sulit ini yaitu membunuh klannya sendiri agar tidak terjadi perang saudara.
Dibantu Obito (dalam versi anime), Itachi pun menghabisi warga biasa dari klan Uchiha dan Obito menghabisi kepolisian Uchiha.
Itachi menerima misi dari Konoha untuk menghabisi klannya sendiri agar tidak terjadi perang saudara. Tapi dia punya satu persyaratan, yaitu hanya Sasuke, adiknya sendiri yang selamat dan tetap harus tumbuh menjadi ninja Konoha.
Syarat ini pun disetujui oleh Konoha dan Sasuke jadi Uchiha satu-satunya yang tersisa di desa Konoha. Dia tumbuh dengan kebencian dengan Itachi.
Ironisnya memang perbuatan Itachi sebenarnya melindungi desa Konoha agar tidak terjadi konflik yang lebih besar dengan membunuh keluarganya sendiri.
Karena itu saat tahu kejadian aslinya, Sasuke marah dengan Konoha dan mengatakan kalau Itachi lebih punya jiwa Hokage dibandingkan Hokage itu sendiri. Nah itu deh alasan kenapa Itachi membunuh klannya sendiri di Naruto.