Transformers: Rise of the Beasts dibuka dengan adegan kilas balik dari perjuangan Maximals di planet mereka yang diserang oleh Unicron, entitas raksasa yang menyerap energi dengan cara memakan planet. Unicron mengirimkan Scourge, pemimpin Terrorcons, untuk mencari kunci Transwarp, sebuah artefak yang bisa membuka portal antara ruang dan waktu. Maximals berhasil melarikan diri ke Bumi dengan membawa kunci tersebut.
Di Bumi tahun 1994, kita diperkenalkan dengan Noah Diaz (Anthony Ramos), seorang mantan tentara yang kesulitan mencari pekerjaan untuk menghidupi keluarganya. Dia bertemu dengan Mirage (Pete Davidson), salah satu Autobot yang menyamar sebagai mobil sport. Mirage memberitahu Noah bahwa dia adalah bagian dari tim Optimus Prime (Peter Cullen) yang sedang mencari sumber energi misterius di Bumi.
Sementara itu, Elena Wallace (Dominique Fishback), seorang magang di museum sejarah alam, menemukan sebuah artefak kuno yang ternyata adalah kunci Transwarp. Artefak itu memancarkan sinyal yang menarik perhatian Scourge dan pasukannya. Scourge menyerang museum dan menculik Elena untuk mendapatkan kunci tersebut.
Optimus Prime dan timnya datang untuk menyelamatkan Elena dan merebut kunci tersebut. Mereka juga bertemu dengan Optimus Primal (Ron Perlman), pemimpin Maximals, yang menjelaskan bahwa kunci tersebut adalah satu-satunya harapan untuk menghentikan Unicron. Optimus Prime setuju untuk bekerja sama dengan Optimus Primal dan Maximals lainnya seperti Cheetor (Liza Koshy), Battletrap (Michaela Jaé Rodriguez), dan Airazor (Michelle Yeoh).
Namun, Scourge tidak menyerah begitu saja. Dia mengumpulkan pasukannya yang terdiri dari Predacons seperti Megatron (Peter Dinklage), Waspinator (Colman Domingo), Blackarachnia (Cristo Fernández), dan Scorponok (Tongayi Chirisa). Mereka berencana untuk mengaktifkan portal Transwarp di Machu Picchu, Peru, tempat asal kunci tersebut. Jika mereka berhasil, Unicron akan datang dan menghancurkan Bumi.
