Bumi selama ribuan tahun menderita karena ulah manusia. Pada sisi lainnya munculah para Titan yang menjadi
first god
bagi Bumi. Para Titan tersebut harus dibangkitkan sekali lagi agar Bumi mencapai keseimbangannya sekali lagi, atau semuanya akan musnah tanpa adanya kesempatan untuk memperbaiki keadaan.
Jonah Alan (Charles Dance), seorang teroris dari Inggris berusaha menggerakan ide tersebut. Dia kemudian membebaskan para Titans yang selama ini tersimpan. Tujuannya sederhana, agar keseimbangan di Bumi kembali muncul.
Rupanya ide tersebut tidak murni datang dari Alan, melainkan dari Dr. Emma Russell (Vera Farmiga). Salah satu figur utama dibalik Monarch, sebuah perusahaan yang bergerak di bidang ilmu pengetahuan yang mengkhususkan diri pada penelitian para Titans yang selama ini tertidur di dalam kerak bumi.
Emma yang selama ini dipercaya meneliti dan menyimpan para Titan secara rahasia justru ingin melepaskan mereka ke tengah-tengah peradaban. Keinginan ini ditentang Mark Russell (Kyle Chandler) mantan suami Emma dan Dr. Ishiro Serizawa (Ken Watanabe), sahabat Emma sekaligus peneliti di Monarch.
Sayangnya mereka tidak berhasil, apalagi sejak Emma berhasil membangkitkan “Monster Zero” alias King Ghidorah, sosok yang bisa menyaingi Godzilla. Naga berkepala tiga, ini mampu bertempur dengan seimbang dengan Godzilla dan menumbuhkan kepalanya sendiri meski sudah dicabik-cabik oleh Godzilla.
Dr. Serizawa selalu percaya kalau Godzilla adalah penjaga Bumi yang sebenarnya, sementara Godzilla sendiri merasa terancam dengan keberadaan Ghidorah yang dianggap merusak keseimbangan. Pertarungan tidak bisa dielakkan lagi, Godzilla mengincar Ghidorah dan semua manusia Bumi harus mempercayakan nasib mereka sekali lagi pada sang raja kadal.
