Menyeimbangkan energi alam adalah tugas yang paling sulit dalam menggunakan Sage Mode, bahkan untuk Jiraiya sekalipun.
Kebanyakan orang lain yang tak bisa menyeimbangkan energi alam maka mereka akan berubah menjadi katak.
Jiraiya punya trik tersendiri yaitu bekerjasama dengan Fukasaku dan Shima agar energi alam bisa dibagi seimbang saat dia menggunakan Sage Mode, sehingga perubahan katak di fisik Jiraiya tidak ekstrem, bahkan hanya hidungnya saja.
Energi alam hanya bisa didapatkan jika sang penggunanya bermeditasi dan menjadi satu dengan alam.
Tapi dalam pertarungan, tentu bermeditasi tidak mudah karena dia harus terus bergerak kalau tidak bisa dihabisi lawannya.
Nah Naruto menemukan penyelesaian masalah ini dengan Kage Bunshin, karena semua chakra yang didapatkan Kage Bunshin akan kembali ke tubuh aslinya saat Bunshin-nya hilang, maka Naruto membuat Bunshin untuk meditasi.
Butuh waktu dan proses yang tak singkat untuk seseorang mempelajari Sage Mode, siapapun orangnya, bahkan Jiraiya tak menguasainya dengan sempurna dan Orochimaru tubuhnya tak memungkinkan.
Kondisi fisik memang sangat diperlukan dalam latihan Sage Mode karena fisik penggunanya yang dijadikan tempat peralihan dan keseimbangan chakra-nya sendiri ditambah chakra alam.
Tapi ada satu klan yang memang sejak awal mampu memanipulasi energi alam yaitu klannya Jugo. Kabuto memanfaatkan hal ini dengan menggunakan DNA Jugo agar dia bisa berlatih Sage Mode ular lebih cepat.
Sewaktu muda, Naruto dikatakan memang punya chakra yang sangat besar, tapi kemampuan pengendalian dan kontrol chakra-nya termasuk rendah di mana Naruto tidak bisa mengatur pengeluaran chakra-nya (meskipun dia jarang kehabisan chakra juga).
Nah dengan Sage Mode situasinya berbeda, Naruto harus memperkirakan setiap chakra yang ia keluarkan karena akan mempengaruhi durasi dari Sage Mode, sedangkan metode Kage Bunshin di poin kedua punya batasan tergantung jumlah Bunshin-nya.
Naruto dan Kurama menemukan penyelesaian masalah untuk ini di mana Kurama yang memang punya keterikatan dengan energi alam bisa mengumpulkan energi lebih banyak dan Naruto dewasa dijelaskan bisa lebih mengendalikan pemasukan dan pengeluaran chakra alam dalam Sage Mode, jadi tidak cepat selesai.
Nah itu dia cara pengguna Sage Mode mengatasi kelemahan teknik ini. Ada yang terlewat? Tulis di kolom komentar, ya.